Hệ thống điện di bao gồm hai thành phần chính: Nguồn điện và Buồng điện di. Nguồn điện cung cấp năng lượng. “Sức mạnh” trong trường hợp này là điện. Dòng điện từ nguồn điện chạy theo một hướng, từ đầu này đến đầu kia của buồng điện di. Cực âm và cực dương của buồng là nơi thu hút các hạt tích điện trái dấu.
Bên trong buồng điện di có một cái khay – chính xác hơn là một khay đúc. Khay đúc gồm các bộ phận sau: Tấm kính đặt dưới đáy khay đúc. Gel được giữ trong khay đúc. "Chiếc lược" trông giống như tên của nó. Chiếc lược được đặt trong các khe ở bên cạnh khay đúc. Nó được đặt vào các khe TRƯỚC KHI đổ gel nóng chảy. Sau khi gel đông lại, lược được lấy ra. Những "răng" của chiếc lược để lại những lỗ nhỏ trên gel mà chúng ta gọi là "giếng". Giếng được tạo ra khi gel nóng chảy đông đặc quanh răng lược. Chiếc lược được rút ra sau khi gel nguội, để lại giếng. Các giếng cung cấp một nơi để đặt các hạt bạn muốn kiểm tra. Người ta phải hết sức cẩn thận để không làm gián đoạn gel khi nạp các hạt. Việc nứt hoặc làm vỡ gel có thể sẽ ảnh hưởng đến kết quả của bạn.